东晋太和元年（公元366年），光禄卿浔阳陶范为慧永法师建西林寺。

　　东晋太元八年（383年），慧远大师与弟子慧持拟柱广东罗浮山，途经浔阳，见庐山清静足以息心，留住龙泉精舍，后移居西林。

　　太元九年（384年），桓伊任江州刺史，接受慧永提议，为慧远建东林寺。

　　太元十一年（386年），东林寺建成，慧远自此居东林寺。

　　太元十七年（392年），慧远以禅经律藏多未俱，乃派遣弟子法净、法领去西域求法，后取回不少梵本经典。

　　东晋隆安五年（401年），大军阀桓玄劝慧远还俗登仕，慧远拒绝。桓玄作《罢道书》，慧远正辞以答。慧远闻鸠摩罗什至长安，致书通好。

　　东晋元兴元年（402年），桓玄自称太尉，专擅朝政，欲令沙门敬王者，以其《与八座书》示慧远，慧远不为所屈。答辞坚正，后复著《沙门不敬王者论》。

　　同年七月二十八日，慧远与刘遗民等一百二十三人，结白莲社，共期往生西方，刘遗民撰《发愿文》。

　　东晋义熙二年（406年），后秦主姚兴仰慕慧远风德，作书致殷勤，并请作《大智度论》序文，慧远答书并作序。慧远因《大智度论》文句繁广，乃摘抄要文，

　　为二十卷。昙摩流支来关中，慧远派弟子致书祈请翻译《十诵律》原未译完部分。慧远致书鸠摩罗什，问大乘要义，鸠摩罗什—一作答。

　　义熙五年（409年），江州刺史、镇南将军何无忌就沙门袒服，蔑弃礼法，作《难袒服论》予以指斥，慧远作《答何镇南书》，与之相质难。

　　义熙六年（410年），罽宾禅师佛驮跋陀罗入庐山，受慧远之请，译出《修行方便禅经》，慧远作序绍介赞扬。

　　义熙八年（412年），慧远立佛影台，作《万佛影铭》，并请谢灵运作铭文。

　　义熙十年（414年），慧永在西林寺去世。

　　义熙十二年（416年），慧远在东林寺去世。浔阳太守阮侃为造墓，谢灵运造碑文，宗炳立碑寺门。

　　义熙十四年（418年），豫章太守王虔请远公弟子道炳为东林寺主。

　　宋元嘉七年（430年），莲社高贤道生自吴郡近东林，寻于庐山精会讲《大般涅涅槃经》，中明所持“一阐提皆得成佛”之义。

　　梁天监三年（504年），僧恩律师修葺西林道场。

　　天监四年（505年），僧融为东林寺主，常依佛法救人苦难，深得四众敬仰。

　　梁太清中（547—549年），重开甘露戒坛，袭用慧远讲《金光明经》于林间之传戒法式。同时，有僧来自西域，以影石（高八寸，径五寸）安置西林寺佛像顶上。

　　陈至德间（583—587年），智错法师为耆旧僧众所推，监护大林与西林二寺，凡二十余载。

　　隋开皇十二至十五年间（592一595年），天台宗智顗大师息迹东林，应寺僧之请，作书与晋王杨广（即隋炀帝）请“永禁公私停泊”，以利僧聚静修。杨广如其请，付有司颁命执行。

　　隋仁寿中（601——604年）．慧达禅师受邀人主西林寺。

　　隋大业二年（606年），慧达造西林七阁，世称“神运阁”。阁成，复往长沙模写瑞像及刻优填王像。

　　大业十三年（617年），大书法家欧阳询撰《西林寺道场碑》，未著书写者姓名，宋欧阳修《集古录》谓“字法老劲，疑为公（指欧阳询）之书”。现碑佚文存。

　　唐弘道元年（683年），东林寺立石刻“尊胜陀罗尼经幢”。

　　唐开元十年（722年），北海太守李邕撰《东林寺碑》并书。

　　开元十四年（726年），江州刺史李讷撰《东林寺舍利塔铭》。是年唐代大诗人李白游东林寺，作《东林寺夜怀》、《别东林寺僧》。

　　开元十七年（729年）东林寺舍利塔倾圯，御史何光建与江州牧柳真望重建，又藏舍利十四粒于塔中。

 　　唐天宝九年（750年），扬州鉴真大师朝礼东林寺，旋偕寺僧智恩第六次东渡日本，终于成功。

　　唐至德初（756年），熙怡律师来东林，居耶舍塔院。许尧佐所作《熙怡碑铭》称其受具戒于南岳，敷律范于东林，临坛持法，垂五十年”。

　　唐贞元十四年（798年），九江守李公康请上弘大师入主东林。上弘前后莅事，凡十八会，度男女僧尼计一万五千五百七十二人。

　　唐元和四年（809年），江西观察使韦丹为东林建“多罗藏”。初，藏既成，唯西廊未就而病故。十年（815年），白居易建西廊。

　　唐太和九年（835年），白居易以其文集六十卷藏于东林经藏中。其后复送文集后十卷及香山居士像于寺。

　　唐会昌三年（843年），东林寺僧云皋模李邕所撰并书《东林寺碑》刊之于石，江州刺史张又新复作屋其上以护之。

　　会昌五年（845年），武宗下诏毁天下佛寺，东林亦罹法难。

　　唐大中二年（848年），宣宗即位不久，即颁诏修复会昌中所毁寺宇，江州刺史崔黯奉诏恢复东林寺，以旧僧正言统理其事。六年（852年），重建成。经藏万卷，僧徒逾千，东林中兴。    大中八年（854年），东林寺刻造石像一组，世称“唐造像”。

　　唐广明元年（880年），东林寺“多罗藏”为淮南节度副大使高骈所毁，远公《庐山集》及白居易存藏文集皆罹劫火。

　　五代杨吴大和元年（929年），德化王杨澈重建远公影堂及石塔，元皓作《远公影堂记》以记其胜。

　　南唐保大九年（951年），敕建西林寺砖浮图，名“千佛塔”。

　　保大十二年（954年），敕建驮跋陀罗舍利塔，彭滨作记。其后南唐李主铸铁罗汉五百尊送东林寺，寺僧造阁以供奉之。

　　北宋开宝八年（975年），宋将曹翰攻陷江州（原属南唐），入东林，劫取五百铁罗汉而去。

　　北宋太平兴国年间（976－983年），太宗赐西林寺额，号“太平兴国乾明禅寺”。

 　　北宋景德间（1004--1007年），真宗敕修西林殿宇廊庑。

　　北宋元丰二年（1079年），神宗诏升东林为禅寺，南昌太守工韶请常总为东林住持。

　　元丰三年（1080年），大画家李伯时（号龙眠）为东林绘制《十八高贤图》。

　　元车七年（1084年），常总陪同大文学家苏轼、黄庭坚游览东诸胜迹，苏轼写下傅诵千古之《题西林壁》绝句。

　　北宋元佑三年（1088年），哲宗敕内侍萧黄金赴东林，用以装饰佛像。在常总任东林住持十三中，寺字扩大，雄丽庄严，当时号称江湖间第一。

　　南宋绍兴二年（1132年），民族英雄岳飞驻屯九江，曾作诗赠东林慧海上人，敦嘱慧海“重修莲社”，以期他日来山终老。

　　南宋淳熙五年（1178年），爱国诗人陆游来游东林，有诗傅世。

　　绍兴淳熙间，东林雨两度失火。淳熙十六年（1189年），灾情尤重。此后东林五十余年无闻于世。

　　南宋淳佑四年（1244年），东林寺住持慧瑄及其徒普兴改建祖师塔，并建造塔院五间。

　　元代至元十一年（1274年），东岩圆应禅师奉旨住持东林道场，弘扬净土，前后一十八年。

　　元代元寅二年（1296年），诏赐东林寺住持悦堂禅师“通慧大师莲社正宗”号，以及金裥袈裟，旋又颁降御香金幡于寺。

　　元代大德九年（1305年），东林寺莲宗善法堂主僧普度著《莲宗宝鉴》十卷，未几，奉旨刊版印行，流通中外。

　　元代延佑七年（1320年），东林寺又毁于火。寺住持庆哲倡议重建，获远近信众踊跃输将，经营十余岁而告成，结构庄严，有加于昔，虞集为撰《重建东林寺碑》。

　　元代至正十二年（1325年），西林寺毁于兵燹。是后寺僧因陋就简，勉强维持香火近三十年。

　　明代洪武六年（1373年），东林寺僧祖观重修寺宇僧寮，移山门于虎溪桥外。

　　洪武十四年（1381年），僧宗乘重建西林寺。

　　明代正德十五年（1520年），大哲学家王守仁（号阳明）游东林寺，赋七言古

诗并书，其石刻嵌在三笑堂壁间。

　　明代万历四十年（1612年），僧海贤留居东林，发愿建造无梁神运砖殿，甫成而倒塌。旋出山谋再建，未遂所愿而病逝梧州。

　　万历四十六年（1618年），大旅行家兼文学家徐霞客游东林寺。与此同时，湖北黄岗县众姓捐造‘铁典”，送寺供奉。

　　万历四十八年（1620年），僧大挪于远公塔院所供文殊像耳中，发现内藏有阿育王所造金像。

　　约在明代泰昌、天启年间（1620—1627年），西林寺千佛塔倒塌。

　　明代崇禎五年（1632年），西林寺住持照真得九江府给谏王鸣王匡护及诸方襄助，西林塔重建告成。

　　崇禎七年（1634年），西林寺住持照真再构梵宇，若殿、若神运阁、若伏虎精舍，皆意摩永公旧址而焉为之，历数年而竣事。

　　崇禎十一年（1638年），海贤之弟子寂融入东林，与大挪谋复建神运殿，适通九江关权使祁逢吉捐俸倡建，不数月，大殿成。后二年，祁逢吉撰《重建庐山东林神运殿碑铭》，寂融立石。

　　清代顺治十三年（1656年），东林寺僧照忍、采善募修五如来殿。

　　清代康熙五年（1666年），僧崇微等募修远公影堂。

　　清代嘉庆九年（1804年），无量殿圯，于佛座下得石，编刻《尊腾陀罗经尼》。即今存之“唐经幢。”

　　清代咸丰四至六年（1854—1856年），清湘军与太平军大战九江，东、西林二寺同遭劫火，破坏殆尽。

　　咸丰七年（1857年），浔阳兵巡道蔡协吉捐重金，重修东林寺。

　　咸丰十一年（1861年），西林寺住持麓丛重建殿宇，新塑佛像，丛林渐复旧观。

　　清代光绪三年（1877年），东林寺改为地方香火庙，亦称“子孙庙”。

　　光绪十五年（1889年），康有为游东林寺，见厨下杂置诸碑铭片断，中有柳公权所书书残碑，嘱寺僧妥为保管。

　　光绪二十六年（1900年），东林寺诸建筑大体修复。山门“东林寺”三大字，寺僧云是康有为旧游时所书。

　　民国元年（1912年），中国佛教协会上海佛学讲经会在东林召开。

　　民国三年（1914年），东林寺重建祖师墓塔，九江闵祖骞撰《重修远公塔铭》。

　　民国四年 （1915年），东林住持妙理重建文殊阁，并将彭祖年所赠《三笑图》碑刻置于出木池旁。

　　民国六年（1917年）。湖北李拙翁、广东古层冰、九江闵次颜协请九江县出面干预，购回土地山场四十亩，复捐资募化，营建殿堂僧寮，并正式请宏庆任东林住持。

　　民国十七年（1928年），寺僧禅静新建“三笑堂”。

　　民国工十二年（1933年），国民党元老重臣戴季陶应蒋介石电邀，去庐山军官训练团讲课，偕原出家西林寺当尼姑之原配夫人钮有恒，专程去西林寺上香，并捐资修建千佛塔旋梯。

　　民国二十三年（1934牛），江苏沙建庵所辑《庐山慧远法师文钞》，初次刊印流通。同年冬，远公影堂内壁嵌十八高石贤刻图象。

　　民国二十七年（1938年）夏，日军侵占九江，在东林寺驻军，并设医务所。

　　民国三十四年（1945年），日军无条件投降，东、西林二古刹重光。次年，东林住持妙理修缮复遭日军破坏之“祖师墓塔”及“西林千佛塔”。

　　民国三十六年（1947年），国民党政府要人蒋介石、宋美龄、宋子文、陈诚等来游东林，未发出指示，亦无资助。

　　一九五二年，东林乡进行土地改革，东、西林寺原有土地大部份分给附近无地或少地农民，但亦按寺僧人口留下土地，供自耕自用。

　　一九五三年，中国佛教协会名誉会长虚云大师朝礼东林寺，果一法师从行。

　　一九五八年，中国佛教协会副会长兼秘书长赵朴初一行来东林视察。

　　一九五九年，周恩来总理由江西省省长邵式平陪同视察东林，作出保护东林文物之重要指示。

　　一九六零年，全国人大常务委员会副委员长班禅额尔德尼·却吉坚赞大师一行来东林寺祝察。

　　一九六一年，庐山管理局为贯彻周总理指示，请九峰寺果一法师移锡东林，主持寺务。次年，果一人主东林，始革八十余年于孙亩陈规，转为十方丛林，弘扬净土。

　　一九六三年，当地政府拨款一万二千元，资助东林恢复工作。

　　一九六五年，越南人民共和国主席胡志明来东林寺参观。

　　一九六七年，东林寺罹“文革”浩劫，佛像、法器遭砸碎，明代《金刚经》铜塔遭拆除，作废品变卖，僧众四散，果一法师作为农下下放九峰垦殖场。

　　一九六九年，东林寺改为九江县委党校。

　　一九七零年，东林寺再改办赛阳公社化肥厂。

　　一九七八年，果一被安排为省政协常委。

　　一九七八年，庐山管理局决定恢复东林寺，6月18日请果一法师返东林，重任主持。同年，经江西省人民政府批准，东林寺列为全省重点文物保护单位，并作为全省第一个佛教圣地向国内外正式开放。

　　一九八零年，国家文化部文物局拨款十六万五千元，维修东林寺。经过年余奋力营修，殿堂僧寮先后重建完峻或修复。该年冬果一当选为九江市第四届人大代表，

　　一九八三年，重建慧远塔院及佛驮跋陀罗舍利塔。次年佛诞节，举行两塔开光大典，日本净土宗访华团多贺谷、铃木信光一行莅临盛典，并将日本佛教界十二著名寺庙奉赠之《大正新修大藏经》送抵祖庭。

　　一九八四年，美国乐渡法师、香港圣一法师、何泽霖与陈霆华居士、澳门王秀蓉居士、普陀山悟道法师及上海郑颂英居士等共倡重建“大雄宝殿”，新加坡广洽法师复捐助巨款以促其成。在九江市人民政府积极支持下，于次年破土动工，一九八九年竣工。

　　一九八五年，新建五百罗汉堂，一九八九年竣工。

 　　一九八七年，中国佛教协会会长赵朴初一行第二次来东林视察。

　　一九八九年，夏，举行重建莲社落成开光法会。冬，东林寺重开甘露戒坛，传授三坛大戒，有来自安徽、湖北、四川等省市僧尼二百五十人受戒于此。传戒期间，台湾觉海尼师等护送特赠释迦牟尼佛真身舍利供奉寺中。

　　一九八九年，香港净空法师奉献海外珍藏善本《大藏经》于东林寺。

　　一九九零年，东林寺皋举行大雄宝殿落成庆典，由果一法师主持并致词，前来参加者，有省市党政负责人、各界著名人士以及海内外高僧大德、檀越居士共四百余人。

　　一九九零年，台湾觉海尼师慕集巨款四十万元，重建西林宝刹。现佛殿、客堂、住室均已竣工。千佛塔正在大修中。

　　一九九零年，台湾体通法师布施巨资，重建莲池。同年十月一日，日中友好净土宗协会理事长、佛教大学教授藤堂恭敬专程将原自东林引种之白莲种子回馈祖庭。

　　一九九零年七月，由果一法师开始重修二林寺志。

　　一九九零年，新加坡广洽法师捐赠巨资，重建社社大殿堂。次年，香港陈霆华大居士复捐巨款资助。一九九二年竣工。

　　一九九一年，东林寺举行莲花法会，庆祝祖庭中兴，莲池再现，由果一法师主持并致词，规模之大，近古未有。前来参加者，有海内外佛教界僧俗人士及其它各界著名人士，共一千数百人。

　　一九九二年六月一日，东林寺举行莲社重建落成庆典及庐山东林净土宗文化研究会成立法会。参加者有海内外佛教界人士共六百余人。

　　一九九三年二月二十八日，东林寺创办的“江西佛学院”正式开学，果一方丈兼任院长。夏，举办“首届庐山佛学院夏令营”。秋，重开甘露戒坛授千佛大戒。十月。果一方丈出席中国佛教协第六届全国代表大会，当选为中国佛教协会常务理事。

　　一九九四年春节，与西林寺住持党海法师一道率两寺四众弟子发愿在东林寺后山建造四十八公尺的阿弥陀佛巨型石像。同时，果一方丈还规划建造万斤青铜钟，复建远公雁门市。

　　一九九四年三月六日四时十分，果一方丈因病示寂。